الخصومات هي مبالغ مالية يتم استقطاعها من مستحقات المقاول بناءً على شروط العقد أو نتيجة مخالفات معينة أثناء تنفيذ المشروع. قد تشمل الخصومات غرامات التأخير التي تُفرض إذا لم يلتزم المقاول بالجدول الزمني المحدد لإنجاز الأعمال. من أنواع الخصومات أيضًا خصم مقابل الأعمال غير المطابقة للمواصفات أو المعايير الفنية المتفق عليها، حيث يتحمل المقاول تكلفة التصحيح أو إعادة التنفيذ. يتم خصم قيمة الأعمال غير المنفذة أو التي لم يتم تسليمها وفقًا لما هو متفق عليه في نطاق المشروع. قد تشمل الخصومات مبالغ لتغطية الضرائب أو الرسوم الحكومية التي يتحملها المقاول بموجب العقد. كما تُخصم أحيانًا مبالغ تحت بند الضمانات مثل كفالة حسن التنفيذ، والتي يتم الاحتفاظ بها لفترة معينة بعد تسليم المشروع لضمان معالجة أي عيوب تظهر لاحقًا. الخصومات قد تكون أيضًا نتيجة أضرار أو خسائر ناجمة عن تقصير المقاول في حماية الموقع أو في تنفيذ الأعمال بالشكل المطلوب. جميع الخصومات يتم توثيقها رسمياً وتوضيح أسبابها ضمن مستندات المستخلصات المالية للمشروع.